Нашел то, что так долго искал. По умолчанию в gnome шаг изменения громкости используя клавиатуру равен шести пунктам. Для меня это неимоверно много, иногда хочется каких-то средних значений. Изменить этот шаг можно используя gconf:

gconftool-2 -s /apps/gnome_settings_daemon/volume_step -t int 3

В данном примере шаг устанавливается в значение 3.