Как известно при использовании compiz в качестве композитного менеджера неактивное в данный момент окно становится полупрозрачным. Штатными средствами настройки compiz нельзя отключить эту опцию, во всяком случае я ничего подобного не нашел. Как оказалось, это вообще опция не compiz, а metacity, и её легко можно отключить с помощью старого знакомого - gconf. Естественно, данная процедура будет справедлива только для гнома. Итак, чтобы отключить полупрозрачность неактивных окон при использовании compiz нужно выполнить следующую команду:

gconftool-2 -s /apps/gwd/metacity_theme_opacity -t float 1