Как известно, при отключении compiz стандартными гуёвым способом(Система->Параметры->Внешний вид->Визуальные эффекты->Без эффектов) в gnome слетают все настройки сделанные через CompizConfig. Это не всегда удобно, когда приходится часто переключать оконные менеджеры. Можно конечно переключать их явно, используя консоль:

metacity --replace; - включает метасити в качестве оконного менеджера
compiz --replace; - включает компиз в качестве оконного менеджера

Но такой способ имеет недостаток состоящий в том, что после перезапуска сеанса запустится тот менеджер, который установлен в системе как дефолтный.

Вот здесь то и можно применить gconf. В gnome существует параметр отвечающий за сеансовый оконный менеджер по умолчанию. Изменить его можно следующим образом(меняем на компиз):

gconftool-2 -s /desktop/gnome/session/required_components/windowmanager -t string compiz

Ежу понятно, что на месте compiz можно написать и metacity.

Теперь, чтобы изменения вступили в силу необходимо дополнительно выполнить команду:

gnome-wm --replace